Японія має ефективну транспортну систему, її особливостями є відсутність трубопроводів (вони не потрібні) і річкового транспорту (для нього немає умов). Натомість розвинені залізничний, автомобільний, морський, авіаційний види транспорту. Специфіку транспортної системи визначають гірський рельєф, зосередження населення і господарської діяльності на невеликих ділянках прибережних рівнин, а також відокремленість островів один від одного. Звичними елементами японського ландшафту стали мости, акведуки, естакади, тунелі. їхня сумарна довжина вимірюється тисячами кілометрів. У перевезенні вантажів найбільше значення мають автомобільний і каботажний транспорт, а частка залізниць мінімальна (лише 7%). У перевезенні пасажирів, навпаки, головними є залізниці, включаючи внутрішньоміські, а вже потім — автомобілі. Зростає роль повітряного флоту.
Протяжність залізниць — 30 тис. км, 30% з них електрифіковані. З 60-х років почала діяти система швидкісних пасажирських залізниць — Сінкансен. Суперекспреси розвивають на ній швидкість до 270 км/год, протяжність системи досягла майже 2000 км. Розгалужена мережа рейкового електротранспорту характерна для великих міст, дев'ять із них мають метрополітени.
Автомобілізація Японії була здійснена недавно. Створено розгалужену систему національних шосейних доріг (1,2 млн.км) і майже 5 тис. км швидкісних автострад. За кількістю автомобілів Японія посідає 2-е місце в світі після США. Складними залишаються проблеми автотранспортного руху в середині міст, паркування і високої вартості пального.
Морський транспорт для Японії має виняткове значення як у каботажних, так і в міжнародних зв'язках. За тоннажем морського флоту Японія, як розвинена острівна держава, займала і продовжує займати перші місця в світі, хоча за останній час майже половина його передана під "дешеві прапори". Головні порти: Токіо, Йокогама, Кавасакі, Кобе, Нагоя. Загальний вантажообіг портів лише Токійської бухти перевищує 300 млн. т на рік. 120 портів мають міжнародний статус.
У Японії налагоджене внутрішнє і міжнародне авіасполучення. Державна авіакомпанія "Джапан ерлайнз" здійснює прямі польоти з Токіо в більшість держав світу. Ця компанія разом з "Ніппон Ервейз" входить у число найбільших у світі. Головними міжнародними аеропортами є Наріта поруч з Токіо і Кансай поблизу Осаки.
Конфігурація транспортної системи Японії визначилася ще за феодальних часів. Його каркас становлять напрямки Токайдо (Токіо-Осака), Саньо (Осака-Хаката на Кюсю), Тохоку (Токіо-Аоморі) і Дзьоецу (Токіо-Наріта). Найважливішу роль відіграє напрямок Токайдо, який з'єднував дві столиці: колишню — Кіото і нинішню – Токіо, а зараз є серцевиною однойменного мегалополіса. Інші напрямки з'єднують центральну частину Хонсю з його периферією. Саме цими напрямками проходить залізнична система Сінкансен і автостради. Головні напрямки каботажних перевезень практично ті самі.
Актуальною для Японії є проблема сполучення між островами. Діють постійні поромні переправи і регулярні морські лінії, а чотири головні острови зв'язані між собою підводними тунелями і мостами. Кюсю відділяє від Хонсю Сімоносекська протока завширшки 1 км. Зараз острови з'єднані двома підводними залізничними тунелями і автодорожнім мостом. Сікоку і Хонсю з'єднала одна з найбільших у світі мостова система Сето—Охасі. Вона складається з шести мостів і п'яти проміжних доріг на островах. Загальна її довжина 38 км, і нею здійснюється залізничне та автомобільне сполучення між містами Кобе на Кюсю і Наруго на Сікоку.
Нині споруджуються ще дві такі системи в центральній і західній частинах Внутрішнього Японського моря. Хоккайдо і Хонсю з'єднані підводним морським тунелем Сейкан (довжина 54 км), прокладеним під водами протоки Цуґару. Ним здійснюється звичний залізничний зв'язок між містами Аоморі на Хонсю і Хакодате на Хоккайдо. Система Сінкансен тут не передбачена.