Клімат. Внаслідок значної протяжності Японії з півночі на південь (від 45° до 22° пн.ш.) у межах її території існують великі кліматичні відмінності. У цілому клімат Японії вологий, морський.
Низовини Кюсю, Сікоку, південних і східних узбереж Хонсю аж до рівнини Канто характеризуються субтропічним кліматом, тоді як у горах більш прохолодно. Низовинам північного Хонсю і Хоккайдо притаманні більш контрастні кліматичні умови з холодною зимою і коротким влітку. В інших частинах країни простежуються різні варіації клімату в залежності від особливостей рельєфу,особливо експозиції схилів. Клімат південних гірських районів зіставимо з кліматом північних рівнин. Вегетаційний період триває 250 днів на рівнинах південного Кюсю, 215 - на рівнині Канто і в горах Кюсю, 175 - на берегах Хонсю, 155 - в Японських Альпах і на західному узбережжі Хоккайдо і 125 - на північному узбережжі Хоккайдо.
Загальна річна кількість опадів коливається від трохи менше 1000 мм на сході Хоккайдо до 3800 мм на деяких хребтах центрального Хонсю. Кількість днів з рідкими опадами варіює від 130 у деяких місцевостях південної Японії до 235 на північно-заході Хонсю. Снігопади бувають на всій території Японії, але на півдні - всього кілька днів, а на північно-заході країни - протягом 95 днів. За цей час формується сніговий покрив потужністю до 4,5 м.
Взимку Японія знаходиться під впливом східних мусонів - потоків холодного континентального повітря з сильними штормами, що переміщаються на схід. Влітку проявляється вплив більш слабких північно-західних мусонів - потоків теплого тихоокеанського повітря.
Найвища температура, зафіксована в Токіо, - плюс 38,7°С; максимальна температура для Японії, зареєстрована в м. Ямагата - плюс 40,8°С. Літня погода багато в чому залежить від зони високого тиску в північній частині Тихого океану, тому, незважаючи на те, що влітку в Японії дуже волого, сонце - постійний гість, а дощі йдуть відносно рідко. Тропічні зони низького тиску (тропічні циклони) утворюються в тропічній частині Тихого океану. Літні шторми зазвичай не дуже сильні і вражають тільки північну Японію, але тайфуни проносяться над тихоокеанським узбережжям Хонсю, Сікоку і Кюсю і влітку і восени.
Послаблення повітряних мас північної частини Тихого океану, що регулюють погоду літа, у свою чергу породжує зони високого тиску і зони помірного низького тиску, викликаючи осінню мінливу погоду. Під час дощового сезону (бай-у) з середини червня до середини липня нерідко випадає більша частина річної норми рідких опадів у багатьох районах південної Японії, тоді як для Хонсю і Хоккайдо характерні зимові дощі і снігопади.
Гідрографія
Ріки Японії численні, але мають короткі, дуже круті поздовжні профілі; несудохідні, але використовуються для сплаву лісу. Найбільші річки достатньо повноводні, вода в них зазвичай чиста і прозора. У складі твердого стоку піщаний матеріал різко переважає над глинистим та мулистим.
Три найдовші річки: Сінано на острові Хонсю, протяжністю 368 км, дренує схили Японських Альп і впадає у Японське море; Ісікарі (367 км), чий басейн охоплює західну частину острова Хоккайдо і також впадає в Японське море, і Тоні (322 км) на острові Хонсю, що протікає рівниною Канто і впадає в Токійську затоку на узбережжі Тихого океану.
Грунти
У природному стані грунту Японії малородючі. Їх фізичні і хімічні властивості знаходяться в тісному зв'язку з географічним положенням і геоморфологічними умовами. У горах переважають малопотужні грунти, що зазнають локальних переміщень і механічних порушень будови грунтового профілю під впливом землетрусів. На алювіальних рівнинах високих терас грунти часто вилугувані та абсолютно неродючі, а на більш низьких терасах і заплавах відрізняються важким механічним складом і тому слабодреновані.
Аллофанові грунти на вулканічному попелі в цілому малородючі, хоча легко піддаються обробці. На Кюсю, Сікоку та на півдні Хонсю в умовах субтропічного клімату формуються жовто-червоні фералітні таі ферсіалітні кислі грунти. Буроземи розвинені в східній частині центрального Хонсю. В умовах прохолодного і вологого клімату Хоккайдо і Хонсю північного формуються гірські буроземи (під буковими лісами), попільно-вулканічні насичені гумусом кислі аллофанові (андосолі) і вилуговані коричневі грунти.
Плями неглибоких болотних грунтів розосереджені на центральному і північному Хонсю, а також в слабо дренованих місцевостях західного Хоккайдо. Для Японії характерна висока культура землеробства. Широко практикуються терасування схилів та протиерозійні заходи. Розроблено високоефективну систему внесення добрив та обробітку грунтів. Завдяки цьому вдалося значно підвищити грунтову родючість у всіх районах країни.