Японські острови утворилися на перетині кількох острівних вулканічних дуг, що обрамляють тихоокеанське узбережжя Азії. Північний острів Хоккайдо знаходиться на перетині дуги, що тягнеться з північного сходу на південний захід, і великої дуги меридіонального простягання, розташованої далі на південь, що включає головний острів країни Хонсю (так звана "дуга Хонсю").
У південній частині Хонсю відбувається її злиття з двома гілками третьої дуги, яка простягається через Хонсю зі сходу на захід, причому її північне відгалуження (гілка Цусіма) знаходиться на північ від Японського Внутрішнього моря, а південна (гілка Сікоку) - південніше. Японське Внутрішнє море являє собою область опускання, а його численні острови - найбільш високі фрагменти зануреного блоку суші. Найпівденніший острів Кюсю знаходиться на перетині дуги, що тягнеться зі сходу на захід, і четвертої дуги, наступної з північного сходу на південний захід на островах Рюкю і Тайвань. Всі ці острівні дуги приурочені до нестабільної Тихоокеанської геосинклінальної області, де і на даний час відбуваються процеси горотворення. Часті землетруси вказують на рухи земної кори.
Сейсмографи зазвичай реєструють до 1500 землетрусів на рік, але на поверхні відчувається приблизно чверть із них. Найбільш потужні землетруси повторюються з періодичністю від 10 до 30 років. Крім того, для Японських островів характерні цунамі - величезні хвилі руйнівної сили висотою до 10 м, що утворюються в результаті підводних землетрусів і обрушуються на східне узбережжя країни. Протягом мільйонів років неодноразово відбувалися коливання земної кори.
У результаті одні її блоки піднімалися, а інші - опускалися. Ці тектонічні рухи почасти визначили різноманітність рельєфу Японії, і там, де відбувалися вертикальні зрушення, на поверхні часто простежуються розломи у вигляді різких перегинів на кордонах низовин і височин. З рухами земної кори пов'язана інтенсивна вулканічна діяльність на Японських островах. Всього в Японії налічується приблизно 200 вулканів, з них близько 40 - діючі. Деякі високі гори Японії є вулканами, найвища з них - вулкан Фудзіяма (3776 м). Поблизу як діючих, так і вимерлих вулканів зустрічаються гарячі джерела.
Гори - характерна риса Японського архіпелагу, вони вкривають 71% суші, і лише окремі ділянки вздовж узбережжя або русел великих рік - рівнини і низовини, що облямовують гірські системи. Якщо рахувати вистоу гір Японії із дна западини Японського моря, острови сягають у висоту 10-14 тис. м, піднімаючись над рівнем океану на 3 км і вище (16 вершин мають висоту понад 3000 м, 532 - понад 2000 м).
У рельєфі переважають низькі і середньовисотні гори, витягнуті практично меридіонально, хоча для окремих районів острова Кюсю характерне заплутане, лабіринтове розташування хребтів. Майже 75% схилів мають крутизну більше 15 ° і настільки сильно розчленовані, що виключені з господарського користування. У ландшафтах країни переважають незграбні і загострені форми рельєфу, проте на півдні Хонсю і на Кюсю рельєф згладжений, ще більш плавні обриси мають прибережні райони о.Хоккайдо.
Велика частина найвищих гір Японії розташована на острові Хонсю. Найвідоміше гірське утворення Японії називається Японські Альпи і складається з трьох відособлених рівнобіжних хребтів. Вершини Японських Альп піднімаються на висоту 3000 м над рівнем моря. Для цих гір характерні зазубрені гострі гребені, гострі вершини розділені глибокими, до 2 км, річковими ущелинами, льодовиковими долинами.
Найвідоміша гора Японії - Фудзіяма, розташована на межі префектур Сідзуока та Ямансі. Висота гори Фудзі - 3776 м, що робить її найвищою вершиною Японії. Значна частина гірських вершин Японії - вулкани, їх тут нараховується близько 200, 67 вважаються "живими" (діючими або сплячими). Серед вулканів особливо активні Асама, Міхараяма, Асосан і Сакурадзіма.
Рівнинні і низинні області займають приблизно чверть усієї території Японії. Вони розташовані окремими ділянками вздовж узбережжя та у долинах річок. Це переважно берегові алювіальні низовини, ширина яких коливається від кількох кілометрів до 150-160 км, а також естуарні дельти.
Найбільшу площу займають рівнини Канто навколо Токіо на тихоокеанському узбережжі Хонсю (12 950 кв. Км); Ісікарі на заході Хоккайдо (2100 кв. км); Етіго на західному узбережжі північного Хонсю в гирлі річки Сінано (1800 кв. км); Нобі навколо Нагоя на тихоокеанському узбережжі Хонсю (1800 кв. Км); Кітакамі на північ від Сендай на тихоокеанському узбережжі північного Хонсю (1200 кв. км); Сеттсю навколо Осаки у східного краю Внутрішнього Японського моря (1240 кв. Км); Цукюсі навколо Куруме на північно-заході Кюсю (1190 кв. км).
Інші ділянки рівнин приурочені до витягнутих вузьких міжгірських котловин у внутрішніх районах країни, наприклад на півночі о.Хонсю, і навколо озерних западин в центральній частині того ж острова, серед яких особливо виділяється тектонічна западина оз. Біва, найбільшого прісноводного озера Японії. Невеликі низовини зустрічаються також у внутрішніх районах островів Хоккайдо і Кюсю.
У рівнинних районах Японії розташовуються найбільші міста і промислові зони країни, проживає основна частина населення. Низовини густо порізані ріками та ярами, зрошувальними каналами і дамбами. Берегові низовини утворювалися з продуктів руйнування внутрішніх гірських масивів. Між алювіальними рівнинами і горами розташовуються четвертинні тераси, прорізані численними річковими долинами. Тераси утворюють кілька ярусів і свідчать про кількаразові вертикальні підняття прибережних ділянок суші. Багато найнижчих терас утворені піднятими (до 20 м) кораловими рифами, що оточують всі острови Рюкю.
Береги Японії відрізняються значною розчленованістю. На кожний квадратний кілометр японської території припадає удвічі більша берегової лінії, ніж в Англії. Загальна протяжність берегової лінії Японських островів біля 30 тис. км.
Оскільки основна частина населення Японії зосереджена на найбільш великих приморських низовинах, береги відіграють у житті японців значну роль. Деякі нерівності берегової лінії є результатом процесів складкоутворення і занурення брил земної кори перпендикулярно до берега, а більш рівні ділянки іноді є самі площині ковзання. Найбільшою розчленованістю характеризуються тихоокеанське узбережжя північного і північно-західного Хонсю, береги Внутрішнього Японського моря і західного Кюсю. У цілому на о.Хонсю узбережжі, звернене в бік Японського моря, більше рівне і пологе, ніж тихоокеанське.
Береги о.Хоккайдо переважно вирівняні і місцями обрамлені серією морських терас (дві нижні - одна висотою кілька метрів над рівнем моря і інша 20-100 м над рівнем моря - плоскі, а третя висотою 100-200 м над рівнем моря, сильно горбиста), де-не-де виражені берегові уступи, а місцями розвинені крупногалечние пляжі і гряди дюн. На узбережжі Японії багато невеликих, але зручних природних гаваней, а також кілька великих. Іноді гавані обмежені подступающими кручами або облямовані вузькою смугою алювіальних дельтових рівнин.