Японський архіпелаг належить до системи острівних дуг Західно-Тихоокеанського рухливого поясe, де і сьогодні відбуваються процеси горотворення. Дуги розділяються на три регіони: острів Хоккайдо крім південного-заходу півострова Осіма; північно-східна частина острова Хонсю; південно-західна частина Хонсю, острови Сікоку і Кюсю та архіпелаг Рюкю. Вигин Японської дуги, згідно з палеомагнітними даними, виник на початку міоцену і пов'язаний з розкриттям глибоководних западин Японського моря.
Стержнева зона острова Хоккайдо — антиклінорій хребет Хідака, складений офіолітами і осадово-вулканогенними гірськими породами верхнього палеозою — нижнього мезозою, прорваними інтрузіями гранітоїдів. На заході антиклінорій Хідака супроводжує вузька зона Камункотан з офіолітами. Остання насунена на синклінорій Ісікарі-Румон, виконаний товщею відкладів верхньої крейди та кайнозою, який примикає на заході до підняття півострова Осіма.
Півострів Немуро у північно-східній частині Хоккайдо являє собою початок Курильської острівної гряди і складений вулканітами верхньої крейди — кайнозою, облямований південним закінченням Камчатського глибоководного жолоба.
Північно-східна частина острова Хонсю відокремлена від південно-західної частини зоною розломів, між якими тягнеться меридіональний ґрабен (рифт) Фосса-Магна, на південному продовженні якого в океані простягається Ідзу-Бонінська молода вулканічна дуга, що супроводжується на сході однойменним глибоководним жолобом.
Північний схід Хонсю облямований Японським жолобом, який з'єднується на північному-сході з Курило-Камчатським, а на півдні з Ідзу-Бонінським. У будові північно-східної частини острова Хонсю основну роль відіграють палеозойські відклади, починаючи з силуру, що неузгоджено залягають на метаморфітах докембрію. Палеозой представлений теригенними товщами, на заході мілководними, на сході глибоководними з присутністю офіолітів. Всі ці відклади інтенсивно зім'яті в складки починаючи з кінця раннього карбону ("орогенез Абе"). Мезозойські породи мають обмежене поширення, в основному на сході, і представлені мілководно-морськими відкладами. Вони зазнали складчастості в кінці юрського — на початку крейдового періоду ("орогенез Сакава" або "Ога-Осіма").
На західному побережжі Хонсю розвинені так звані зелені туфи неогену. Геологічна структура південно-західної Японії виразно зональна із загальним омолоджуванням зон. Розрізнюють внутрішні і зовнішні групи зон, розділені розломом так званої Медіанної лінії. Найбільш древніми породами (докембрій) складена зона Хіда на однойменному півострові.
На південному сході розвинені палеозойські вулканогенно-осадові відклади, що зазнали складчастих деформацій на початку тріасу ("орогенез Акійосі"), і утворення тріасу-юри та неокому, дислоковані в епоху Сакава; в обрамленні зон Хіда і Тамба відомі офіоліти Майдзуру. Вздовж кордону з комплексом зовнішніх зон простягається крейдовий вулканоплутонічний пояс Рійоке.
Архіпелаг Рюкю, обрамований однойменним глибоководним жолобом, представляє продовження зовнішніх зон південно-західної Японії. Деформації цих зон почалися в кінці юри — на початку крейди, в епоху Сакава (Ога) і продовжувалися до пізнього міоцену, а на підводному схилі, зверненому до глибоководного жолоба Нанкай, аж до сучасної епохи. При цьому утворилися направлені на південний схід насуви і шар'яжі, а також олістостроми.