Близько 30% території країни вкрито лісами, здебільшого окультуреними. Переважають посаджені ліси з монокультурами хвойних порід (на півночі - сосна, у центрі і на півдні - ялина). Природні ліси з перевагою широколистяних порід збереглися переважно в горах (найбільш залісені гірські райони Рейнської області).
Букові ліси часто зустрічаються невеликими масивами, що іноді сягають верхньої межі лісу, але звичайно на великих висотах панують ялиця і ялина. На багатих вапном ґрунтах до бука домішуються дуб, граб, клен, липа й інші.
По долинах Дунаю, Рейну, Ельби і деяких інших річок місцями збереглися заплавні ліси з вільхи і тополі з домішкою ясена, верби і липи. У високогір'ях Альп поширені субальпійські й альпійські луки, що відрізняються великою видовою розмаїтістю. На північних рівнинах і Баварському плато зустрічаються значні торф'яні болота. На північному заході - невеликі ділянки вересових пустищ із заростями чагарників (яловець, дрік тощо). Луги річкових долин добре окультурені.
Фауна Німеччині не дуже багата. Найбільш поширені на території Німеччини тварини: білка, кабан і лисиця, благородний олень, косуля, лань, зайці, кролики, мишоподібні гризуни. На альпійських луках мешкає бабак. У долині Ельби - бобри, лісові куниці, дикі кішки. Серед нечисленних рептилій виділяється гадюка. З птахів зустрічаються переважно горобці, шпаки, дятли, дрозди, зозулі, зяблики, ластівки, іволги, сови, сороки, луні, фазани, куріпки. У заповідниках збереглися дрохви, пугач, кам'яний орел, чапля, журавель, лелека.
З болотних птахів-вальдшнепи, чайки, бекаси, білі лелеки. Вологі райони по берегах Балтійського і Північного морів мають важливе значення для перелітних птахів Європи, особливо качок, гусей і болотних птахів. У прибережних водах водяться оселедець, тріска, камбала, морський окунь, в річках країни - короп, форель, сом. Великі хижаки лісів (вовк, рись, ведмідь) практично повністю винищені. Істотне значення для полювання мають козулі і благородні олені, а також кабани, зайці, лані, сарни, муфлони, фазани, куріпки. На ватах збереглися невеликі популяції тюленів.
На території Німеччини існує 43 природних парки (Бергштрасе-Оденвальд, Гарц, Пфальцекський Ліс та інші) та 35 заповідників (охорона типової флори, фауни і природних ландшафтів у цілому).